这故事要追溯到上古时代了，在天地初开，混沌初明之时，众神之祖盘古，开天辟地，造了这天地万物，万物之始皆为神，故有了最初的众神，如上神长渊便是蛟龙所化，天帝则为五爪金龙，西王母为凤凰等，而云书则是盘古始祖羽化之前口中呼出的最后一口气，这气聚集了天地灵气，其形为满天云朵，这云朵后修成神形后，便是云书，因此云书实则也是上古众神之一。
这初为神的万物觉得自始祖盘古去世后并无一族为尊，于是开始互相厮杀，各处征战，为争夺万物之主。云书原形本是看得见摸不着的云，众神向她挑战皆败下，后上神长渊不服便向云书发起挑战，蛟龙善御水化雾，同云书纠缠甚久，云书因不愿与其纠缠便主动认输，谁知上神长渊便提出一个要求，你既败于我，便从此跟随我。
云书起初不愿，后被长渊纠缠了一段时间遂答应，从此跟随长渊上神战遍四海八荒，并将所历之事皆写成书，故成上古史。
当时众神混战，一些神力低微的便沦落为妖，魔，后由战胜的神划出势力范围，由此形成神，魔，妖，三界，后妖魔不甘心联合发起了诛神之战，神界抵挡不住，连连败退。
那一战不知折损了多少上神，后神界得人族的帮助，终战胜妖魔两界，于是立下重誓，即神妖魔三界不准伤害人族，违者诛！
就这样又过了一段时间，此时人族把人间划分成了九州，各自统治，但人心不轨，故生出了鬼灵精怪之物，鬼灵精怪在人间大肆兴风作浪，同时制成了九件神器，专门收集人的九种恶念，即贪婪，愤怒，骄傲，懒惰，淫欲，嫉妒，恐惧，悲戚，憎恶，一时间人族互相残杀，生灵涂炭。
神族见人间一片生灵涂炭，便只好插手，将九件神器一同封印，并教人戒除这九种恶念，这样鬼灵精怪自然不会生出，但凡人并不能完全戒除，故鬼灵精怪亦时有出没。经过诛神之战同封印神器，神族势力大为衰退，故开始从人族中挑选一些能戒除恶念之人传授神力，是为仙。
此时仅余天帝，西王母，上神长渊，日神，月神，星神，云书同一些上神，又过了万年时光，众神皆当历劫重生，而魔妖两族竟在此时出现了两位法力极高的魔和妖，一举统领了魔妖两界，自封为魔君，妖王，并再次发起了诛神之战，即二次诛神之战。
此时虽有仙君抵挡，但因众神历劫，妖魔二族迅速占领人神两界，这一战，神族一败涂地。神族虽败但并未投降，众神聚集起来商议对策，后得知妖魔二族能迅速强大皆因魔君，妖王的强大法力，其实二族内部势力错综复杂，结盟不稳。
于是定下计策，由日神与长渊上神去单挑魔君与妖王，其他众神及仙君随天帝指挥攻打妖魔两族。那一战，亦是打得天昏地暗，兵分两路，各自进行，是为天地间之大浩劫。果然由于妖魔两族中各自为政，一击即散，溃不成军，天帝一行大获全胜。
而另一边长渊上神同妖王战的亦是难分高下，后终于上神将妖王打败，将其斩于不周山，但上神亦受重伤，此时云书依旧一直跟在上神身边，上神打败妖王便立刻前去帮助日神，日神此时已同魔君处于胶着之时，魔君见上神赶来，知妖王已败，于是便打算与日神同归于尽。
魔君将自己的全部精元以自我毁灭的方式冲入日神身体中，日神无法承载魔君的巨大能量，于是化为原形并且膨胀了十倍，挂于天空，整个人间陷入一片炙烤中，为了将魔君彻底消灭，也为了解救受炙烤之苦的万物，云书将自己化成原形保护着上神长渊将魔君封印于日落西沉之地——沉渊之中，封印之后云书身毁神散，化成满天云朵，随风消散，而长渊上神也因伤重沉睡于北海之极。
这一战，神，仙，妖，魔，人五界皆受重创，亡魂众多，形成鬼界，因此天帝重新主持六界，修订神职仙规人法，划分妖界魔域鬼地，从此六界各行其道，各司其职，重新建立天地秩序，从此上古时代结束，进入新纪元。
而长渊上神在北海沉睡不知多久，直到五千年前才醒来，重新飞升，只是飞身之后除神力依旧之外，记忆却全无了。云书虽形毁神散，但所幸云书本为始祖盘古之灵气，故能历千万年而不灭，虽神毁但灵在，历经数万年也终将灵聚成，化出身形，修为仙，为织云仙子，记忆全无，后历经数千年，上神同云书再无相见。而且天帝将上古史中关于云书的内容全部抹去，这原因却是不知，故知云书来历者仅二三上神。而今又到众神皆历劫之时，因此，天地间恐又将有一番动荡。